Unguja sziget mintegy harmadán és Pemba körülbelül felén (mindkét sziget nyugati oldalán) fűszerültetvények követik egymást; emellett Unguja nagyobb völgyeiben rizst termesztenek. Jellemző fűszernövényei a fekete bors, a szegfűszeg, a kardamom, a fahéj, a vanília, a szerecsendió, a citromfű és a gyömbér. Mivel kellett a hely az ültetvényeknek, a sziget egykori növényzetét jórészt kivágták; csak a Jozani-erdő maradt többé-kevésbé háborítatlan. Itt él Zanzibár leghíresebb állatfaja, a karcsúmajmok közé tartozó zanzibári vörös kolobusz (Piliocolobus kirkii). A faj a sziget csak itt megtalálható, endemikus faja. Az erdőben él még a sunnis (egy kis termetű őzféle), több kaméleon és mintegy negyven madárfaj.
A sziget déli csücskéhez közel, a nyugati partba mélyedő Menai-öböl két delfinfaj otthona.
Ungujától nyugatra kisebb szigetek sora húzódik (Changuu, Bawe, Chumbe, Kwale, Pungume, Sume, Miwi, Vundwe; északon Tumbatu és Popo). Ezek egyikén alakították ki 1994-ben Tanzánia első tengeri nemzeti parkját, a Chumbe-sziget Tengeri Rezervátumot. A mindössze 16 hektáros szigeten nyitották meg a Korall parkot is: ebben a látogatók búvárkodva ismerhetik meg a sziget körül húzódó korallzátony élővilágát. A zátonyon megtalálható az Indiai-óceánban élő keménykorall fajok kilenctizede; a zátony környékén mintegy 370 halfaj él.
A Börtön-sziget a Seychelles-szigetekről betelepített aldabrai óriásteknősök (Geochelone gigantea) élőhelye (a sziget nevét adó börtönt 1893-ban építették, de sohasem használták).
